Saga de los Dark Masters y Apocalymon

Los Niños elegidos encuentran un Mundo digital en muy mal estado. Durante su ausencia, los Dark Masters  se apoderaron del Mundo digital y formaron la Montaña espiral. Los niños a pesar de separarse, empiezan a derrotar uno a uno a los Dark Masters, el primero en ser derrotado es MetalSeadramon, le sigue Puppetmon , luego Mugendramon  y por último Piedmon . Los ocho niños ya reunidos en la cima de la Montaña espiral reciben un correo de Gennai que les revela que los Dark Masters no eran los verdaderos enemigos. La Montaña espiral se oscurece y la cima se desintegra. Los niños caen al vacío de oscuridad.

Los Niños elegidos caen en una zona de oscuridad. El verdadero enemigo hace aparición: Apocalymon . Él estaba presente en todo el Mundo digital y era el causante de la curvatura entre ambos mundos al atravesar el Firewall. Los niños intentan hacerle frente pero Apocalymon destruye los ocho Emblemas impidiendo que los Digimon puedan evolucionar. Finalmente Apocalymon usa un conjuro y los formatea. Los niños descubren que los emblemas eran sólo un objeto y que sus cualidades estaban realmente en sus corazones; al descubrirlo, todos los Digimon vuelven a evolucionar, y juntos derrotan a Apocalymon.

Tras ello, el Mundo digital empieza a reconstruirse, y con él, renacen los Digimon que dieron sus vidas por restaurar la paz. Sin embargo, los Niños elegidos tienen que regresar a su mundo, por lo que se despiden de sus Digimon con la esperanza de volver a verlos algún día.