Saga de los Dark Masters y Apocalymon

Los Niños elegidos encuentran un Mundo digital en muy mal estado. Durante su ausencia, los Dark Masters  se apoderaron del Mundo digital y formaron la Montaña espiral. Los niños a pesar de separarse, empiezan a derrotar uno a uno a los Dark Masters, el primero en ser derrotado es MetalSeadramon, le sigue Puppetmon , luego Mugendramon  y por último Piedmon . Los ocho niños ya reunidos en la cima de la Montaña espiral reciben un correo de Gennai que les revela que los Dark Masters no eran los verdaderos enemigos. La Montaña espiral se oscurece y la cima se desintegra. Los niños caen al vacío de oscuridad.

Los Niños elegidos caen en una zona de oscuridad. El verdadero enemigo hace aparición: Apocalymon . Él estaba presente en todo el Mundo digital y era el causante de la curvatura entre ambos mundos al atravesar el Firewall. Los niños intentan hacerle frente pero Apocalymon destruye los ocho Emblemas impidiendo que los Digimon puedan evolucionar. Finalmente Apocalymon usa un conjuro y los formatea. Los niños descubren que los emblemas eran sólo un objeto y que sus cualidades estaban realmente en sus corazones; al descubrirlo, todos los Digimon vuelven a evolucionar, y juntos derrotan a Apocalymon.

Tras ello, el Mundo digital empieza a reconstruirse, y con él, renacen los Digimon que dieron sus vidas por restaurar la paz. Sin embargo, los Niños elegidos tienen que regresar a su mundo, por lo que se despiden de sus Digimon con la esperanza de volver a verlos algún día.

Saga de Myotismon

Con la desaparición de Taichi, los Niños elegidos se separan. Taichi comienza la difícil tarea de encontrarlos y reunirlos. Aparece PicoDevimon, un pequeño Digimon que tratará de evitar que los Niños elegidos se reúnan. Sora escucha una conversación entre PicoDevimon y su "señor" donde hablan del significado de los Emblemas. Cada emblema representa la cualidad más importante de cada niño: Taichi posee el Emblema del Valor, Yamato el Emblema de la Amistad, Sora el Emblema del Amor , Koshiro el Emblema del Conocimiento, Mimi el Emblema de la Pureza , Joe el Emblema de la Sinceridad y Takeru el Emblema de la Esperanza.

Ya reunidos, hace aparición Myotismon . Gennai les revela a los niños la existencia de un octavo Niño elegido. Vamdemon planea eliminar al octavo Niño elegido y lleva a cabo una invasión al Mundo real. Se revela que Hikari Yagami es la octava niña elegida y que su Digimon es Tailmon , una ex-sirviente de Vamdemon. Tailmon ultra evoluciona a Angewomon gracias al Emblema de la Luz, producto del dolor por la muerte de su compañero Wizardmon a manos de Vandemon quien se sacrifica para proteger a Hikari y reuniendo el poder de los demás Digimon, derrota a Vamdemon.  Vamdemon renace como VenomMyotismon y empieza a destruir la ciudad. Con la ayuda de Angemon y Angewomon, Agumon y Gabumon warp evolucionan a WarGreymon y MetalGarurumon derrotando al rey demonio. Terminada la batalla, el Mundo digital aparece reflejado en el cielo del Mundo real, los ocho Niños elegidos deciden regresar al Mundo digital para encontrar la solución a ese fenómeno.

Saga de Etemon

Después de derrotar a Devimon, aparece un ser de apariencia humana llamado Gennai. Gennai pide a los Niños elegidos que vayan al Continente Server  para derrotar a las fuerzas de la oscuridad. Además les cuenta que sus Digimon podrán alcanzar una nueva etapa evolutiva con la ayuda de las Etiquetas y los Emblemas.

Las Etiquetas fueron escondidas por Devimon en algún lugar del océano y los Emblemas se encontraban dispersos por el Continente Server. Con la esperanza de regresar a su mundo, los niños emprenden viaje hacia el nuevo continente. Después de un incidente en el océano con Whamon, este les ayuda a encontrar las Etiquetas y los lleva al nuevo continente.

Ya en el Continente Server, conocen a su nuevo enemigo: Etemon. Los niños comienzan a eludir a Etemon mientras buscan los Emblemas. Taichi es el primero en encontrar su emblema y eso lo llena con confianza de mas, durante un ataque de Etemon este fuerza a Greymon a que digievolucione a su siguiente nivel, esto ocasiona que ultra evolucione incorrectamente a Skullgreymon causando un tremendo caos, cuando se le agotan las energías y regresa a ser Koromon, Taichi se da cuenta de su terrible error y se disculpa con todos. Ya encontrados los siete emblemas, Taichi se enfrenta a Etemon. Greymon ultra evoluciona a MetalGreymon, usa su ataque Giga Destroyer  y derrota a Etemon. La explosión provoca una fisura dimensional arrastrando a Taichi y a MetalGreymon. 

Taichi regresa al Mundo real junto con Koromon, regresa a su hogar encontrando a su hermana Hikari. Taichi descubre que aún era el 1 de agosto de 1999 en la Tierra y que sólo habían pasado horas desde su partida, mientras que en el Mundo digital pasaron meses. Además descubre que las anormalidades climáticas en el Mundo real eran provocadas por los Digimon, además su hermana Hikari ya se había dado cuenta de eso antes que él partiera al campamento de verano. Al final, Taichi y Koromon deciden regresar al Mundo digital con ayuda de su Digivice. Mientras eso sucedía, un octavo Digivice aparecía en su hogar.